VPCそのものには費用はかかりません。
(1) 「サービス」->「ネットワーキングとコンテンツ配信」->「VPC」をクリック。
(2) 左の縦のメニューの「VPC」をクリックし、削除するVPC「HandsOn######-vpc」を選択し、「アクション」->「VPCの削除」を選択します。
(2) ダイアログが出ますので、その指示に従い「削除」と入力し、「削除」をクリックします。
VPCはEC2の削除が終わらないと削除できませんので、削除が終了する(terminatedになるまで)待ちます。また、このハンズオンではVPC内にCloud9のインスタンスを配置したので、Cloud9を削除するまで当該VPCを削除できません。