VPCそのものには費用はかかりません。
(1) 「サービス」->「コンピューティング」->「EC2」とたどり、左のメニューの「セキュリティグループ」から削除するセキュリティグループ「HandsOn######-SG-RDS」を選択し、「アクション」->「セキュリティグループを削除」を選択します。ダイアログが出ますので、「削除」をクリックします。
(2) 同様に「HandsOn######-sg-ec2」が残っていれば同様に削除します。