2.2 Notebookインスタンスで実行する

ノートブック環境を開く

  1. マネジメントコンソールより、Amazon SageMakerを選択
  2. 左側メニューよりノートブック-> ノートブックインスタンスをクリック
  3. ノートブックインスタンス右側のJupyterLabを開くをクリック

以降の手順では、SageMaker Studio IDE上で作業を行います。以降の手順で利用するボタンは以下の図をご覧ください Lab_UI

Deepchemリポジトリのクローン

  1. JupyterLab右側のメニューよりGitアイコン(上から2つ目)を選択
  2. Clone a Repositoryを選択
  3. https://github.com/deepchem/deepchemを貼り付けCLONEをクリック
  4. 左下でGit: cloning repository...の表示が消えるのを待ち、ファイルブラウザにdeepchemディレクトリが作成されていることを確認する

ノートブックカーネルのセットアップ

  1. 右上+アイコンより、Lancherを開く
  2. Notebooksセクションよりconda_python3カーネルをクリック
  3. 以下のコードをセルに貼り付け実行(Shift + Enter)する 
!pip install tensorflow==2.3.*
!conda install -y -c conda-forge deepchem
!conda install -y -c conda-forge rdkit
  1. 以下のコードをセルに貼り付け実行(Shift + Enter)し、deepchemがインストールされていることを確認する python import deepchem as dc dc.__version__ 5. 使ったノートブックファイルUntitled.ipynbをsetup.ipynbにリネームし、保存する ## Deepchemサンプルコードの実行 Tutorial 1. ファイルブラウザよりdeepchem->examples->tutorials->01_The_Basic_Tools_of_the_Deep_Life_Sciencesをクリック 2. Select Kernelでsetup.ipynbを選択 3. 3つめ以降のセルを順次実行し、動作を確認する