2. Deepchemサンプルの実行

本手順では、立ち上げた立ち上げたノートブック環境で、創薬等で使われるツールであるDeepchemをインストールし、プロジェクトに含まれるサンプルコードを実行します。

今回の手順は、Jupyterノートブック上での作業であり、環境に対して永続的な導入ではないことに注意してください。 新たに作成したノートブックファイル、カーネルに対しても使えるようにする場合には本手順とは異なる作業が必要です

SageMaker Studioの場合は、独自のカスタムコンテナイメージを作成しドメインに対してアタッチすることで、Deepchemがインストール済みのノートブックを立ち上げることができるようになります。 利用例はこちらのブログをご覧ください。また、詳しくは公式ドキュメントのページや、サンプルイメージも参考にしてみてください。

ノートブックインスタンスの場合は、Jupyterのターミナル上でパッケージの導入とカーネルの作成することで、インスタンスに対してDeepChemをインストールすることができます。詳しい方法はこちらのブログをご覧ください。また、ライフサイクル設定という機能により、ノートブックの開始時/作成時に実行するスクリプトを指定することもできます。こちらにその例があります。